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等电点与疏水性

2016年4月15日 19:24
等电点与疏水性
一、氨基酸的等电点,该如何进行计算?

1、 氨基酸是两性电解质,在碱性溶液中表现出带负电荷,在酸性溶液中表现出带正电荷,在某一定pH溶液中,氨基酸所带的正电荷和负电荷相等时的pH,称为该氨基酸的等电点。

2、氨基酸等电点的计算

公式: pH=(pKn+pKn+1)/2
        n:氨基酸(或多肽)完全质子化时带正电荷基团数

        pK:解离基团的解离常数

等电点的计算步骤
先将氨基酸/多肽可解离基团的pK值自小到大按顺序排列
判断n值
判断氨基酸的分类
酸性氨基酸和中性氨基酸的完全质子化数n=1
碱性氨基酸的完全质子化数n=2

3、氨基酸等电点表
甘氨酸5.97   
丙氨酸6.00  
缬氨酸5.96   
亮氨酸5.98   
异亮氨酸6.02   
苯丙氨酸5.48   
丝氨酸5.68  
苏氨酸6.16
酪氨酸5.68
半胱氨酸5.05
蛋氨酸5.74
脯氨酸6.30
色氨酸5.89
赖氨酸9.74
精氨酸10.76
组氨酸7.59
门冬氨酸2.77
谷氨酸3.22
门冬酰胺5.41
谷氨酰胺5.65

二、20种氨基酸的疏水参数见下表(高正值的氨基酸具有更大的疏水性,而低负值的氨基酸则更加亲水):
Arg(R) -4.5
Lys(K) -3.9
Asn(N) -3.5
Asp(D) -3.5
Gln(Q) -3.5
Glu(E) -3.5
His(H) -3.2
Pro(P) -1.6
Tyr(Y) -1.3
Trp(W) -0.9
Ser(S) -0.8
Thr(T) -0.7
Gly(G) -0.4
Ala(A) 1.8
Met(M) 1.9
Cys(C) 2.5
Phe(F) 2.8
Leu(L) 3.8
Val(V) 4.2
Ile(I) 4.5